所謂實物結算，是指投資者若要求行權，權證發行人有義務按照行權價向權證持有人買入（認沽證）或賣出（認購證）正股。以融資為目的的權證，如分離轉債權證，以實物結算為主。權證持有人行權時，須主動提出申報，否則看作自動放棄行權。與此同時，認購證持有人需在戶上存入與待行權權證數量相應的現金，否則視為無效申報；認沽證持有人需保證賬戶上應有與待行權權證數量相應的正股，否則視為無效申報。此外，行權時還需繳納一定的過戶費，即證券面值的0.05%。
　　值得一提的是，按照中登公司處理系統的規則，行權收益逐筆處理，每筆行權不足1股的零碎股全部去掉，同一行權日內的多次申報將多次處理，每次申報行權所產生的小數點之后的股數不能合并計算。行權獲得的標的股票需次日才能上市流通。
　　若到期時權證處于價內，即存在行權價值，持有人應主動提出行權申報；相反，持有人應放棄行權。因此，對于即將到期的權證，投資者就留意權證內在價值的變化，切莫錯過行權期。數據顯示，鉀肥JTP1在最后交易日報收0.107元，正股鹽湖鉀肥報收45.21元，而鉀肥JTP1行權價僅為15.1元，處于深度價外，毫無行權價值。
　　所謂現金結算，是指在行權時，權證持有人按行權價與結算價及行權費用之差價收取現金，其中結算價取行權日的前10個交易日正股收盤均價。現金結算是目前國際權證市場（如香港權證市場）的主流結算方式。隨著我國權證市場的發展，將來由券商發行的備兌權證，也將主要采用現金結算方式。
　　南航JTP1是我國權證市場上首個采用現金結算的權證。南航JTP1到期時，如果處于價內，權證持有人無需主動申報，結算系統將根據權證行權價及權證結算價的差額并扣減相應行權費用后，給予持有人相應的現金收入。現金結算免除了實物結算的麻煩，也避免權證具有行權價值時，持有人因無法準備相應的現金或正股參與行權甚至忘記行權而造成的損失